C Cube повествует о ничем не примечательном японском школьнике Харуаки Ячи. Однажды наш протагонист получает по почте от родного отца неподъемный куб черного цвета, который он не смог раскурочить даже при всем желании

Той ночью Ячи разбудит странный шум с кухни. Источником шума окажется голая похитительница рисовых крекеров. Кличут девицу - Страх. Дальше все будет еще чудней.