После ядерной катастрофы 2016 года Токио превратился в город-призрак, непригодный для жизни людей. Только три школьницы с иммунитетом к радиации могут находиться в Мертвой Зоне и помогать немногим выжившим. Ибара Нарусэ, Таэко Номура и Аой Фукасаку составляют особый отряд "Коппелион", одна из задач которого выяснить, что же привело к взрыву на АЭС, унесшему миллионы жизней.